得到八枚徽章而回到真新镇的小智一行人，在大木博士那里得知距离石英大会还有不到两个月的时间。好在石英高原距离真新镇也不远，小智他们骑上肯泰罗出发也不过几天的路程，于是几人决定在大木博士的研究所里进行挑战前的最后特训。
对此大木博士也很是高兴，毕竟如果小智他们急着走，他珍贵的研究对象就会少很多。
在小智带着小霞和小刚开始特训后，没几天，像小霞那早就已经达到进化边缘的露力丽和墨海马，就成功进化成了玛丽露和海刺龙，可把小霞开心坏了。小刚的大钢蛇和隆隆岩在熟悉了进化后的身体，小刚就不再带着它们训练了。
一开始小智他们在附近海滩晨跑遇到了二十年一次的大海浪“大星期二”，在那里碰到一个年迈的冲浪手阿将和他的年迈的皮卡丘马奎尔，在那里他们见证了阿将与他的马奎尔最后的奇迹，乘着“大星期二”在暴雨中插上了海中一块高耸的礁石上。
小智他们也被阿将和马奎尔的勇攀高峰的精神鼓舞，自那以后小智每天都和神奇宝贝训练，接近一个月的时间都泡在大木博士的后院里面。
小刚和小霞到是时常停下训练，比如接受大木博士委托去邀请西野森教授来观察河马王，一起探讨呆呆兽的进化之谜，巧合的是哪天正好有一只呆呆兽钓到一只大舌贝进化成了呆河马。
又或者跟花子妈妈一会儿到后院给树果的种植园帮忙，一会儿到附近的村雨植物园里帮忙，虽然去植物园里帮忙很大的原因是有个美丽的少女。
不过在得知了那个名为林子的小姐和当地职员岩风情投意合后，小刚再也没有去过了，只有小霞偶尔过去帮忙。
直到有一天听说有个很有名的导演在附近拍戏，小智就带上鬼斯通和小霞他们去找这个导演。
在鬼斯通出面和那个南野导演说明了少女峡的故事，南野导演很是感动，表示不用收下小智的钱也要拍好这个电影，将少女的故事传遍世界，鬼斯通的心结也彻底放下，在和小智说明后，回去研究所就进化成了耿鬼，实力之强已经赶上皮卡丘他们了。
而在那之前小智他们还和一个叫克子的少女帮助南野导演，用大家的神奇宝贝帮忙拍完了一部电影。
为此他们后来还去了神奇宝贝好莱坞逛了一圈，虽然那里没落萧条，但也在那只知道了火箭的喵喵曾经的故事。
不过回到研究所里，鬼斯通在进化成了耿鬼以后，它的特性也从漂浮变成了诅咒之躯，原本分离的身体也变成了一个整体，为此小智还改了很多训练计划。
当然火箭队三人组还是老样子日常出来捣乱，不过由于小智经常待在研究所里，而且被那里的神奇宝贝们给修理过，火箭队三人组就盯上了小霞和小刚他们。只是不出意外的，他们依旧被小刚和小霞打飞。
时间很快的就是，距离石英大会还有不到三个星期，这一天早上，小智他们吃完早饭在看最近四天王希巴的表演赛。
看完节目小智也热血沸腾，希望能见上一面，向希巴大师请教有关格斗系神奇宝贝的知识，本来几人并不抱有希望，可是这时花子妈妈站出来道，“我听说有人在米亚查山看到四天王的希巴呢。”
“米亚查山，那不就在附近吗？”小智想了想，“好，决定了，我们就去米亚查山向希巴大师请教吧。”
不过在小智他们爬了好久的山后，一行人还是没有遇到四天王的希巴大师，在山下的茶店里休息了会儿，帮助店家婆婆把化身野良仙人的火箭队赶跑后，几人再次上山寻找。
“这附近就是婆婆所说的那个巨大大岩蛇的栖息之地吗？”小刚看着脚下巨大的山道，不由得想起山下店家坡婆婆说的巨大大岩蛇。
“如果我们脚下的山道真的是由巨大大岩蛇开出来的，那这个大岩蛇的体积恐怕大的有点离谱了。”小智也不太相信会有这么大的大岩蛇。
这时大地突然开始振动，一个巨大的身影快速的朝着他们冲来，身后卷起巨大的烟尘。
“你们快看那个是不是大岩蛇？！”小霞抱着波克比，指着对面冲来的巨大身影道。
“真的是大岩蛇，不过这也太大了！”小刚对大岩蛇最了解，一眼就看出是大岩蛇没错，只不过看着那有如小山般庞大的身影，脸上巨大的十字刀疤配合它冲过来的气势，让人看了心惊不已。
“现在不是感叹的时候，大岩蛇的状况不大对，我用波导探查到它体内似乎有被别的神奇宝贝卡住了，所以它才会这么痛苦。”
小智眼里冒着蓝光，对着小霞和小刚道，“而且我用波导试着安抚它也没用，它完全没理我！”
“那怎么办？要不我们用神奇宝贝把它打倒再说吧…”小霞看着快来到身前的巨大大岩蛇，他们并不害怕它，只是不想无故伤害一只可怜的神奇宝贝。
“那也只能这样了，就决定…”小智刚想丢出宝贝球，被身边一个声音打断，“各位请等一下，就交给我来吧。”
只见一个赤膊上身，只穿一条白色裤子的黝黑精壮男子从一旁的岩石里跳出，一拳把正在前冲的大岩蛇打得倒退一步。
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